Для діагностики використовується огляд пацієнта, виявлення типових симптомів (біль при сечовипусканні, виділення зі статевих органів) і аналіз мазків і зразків крові. Фізичні симптоми (біль, виділення) можуть бути і відсутніми, а для деяких захворювань (гострі кондиломи) відсутні зовсім. Діагностика утруднена, так як всі методи дослідження мають похибкою і не свідчать однозначно про захворювання, тому діагностика повинна проводитися кваліфікованим лікарем.
Для вивчення лабораторних аналізів зразків використовуються наступні методики: аналіз загального мазка (фарбування і огляд через мікроскоп), виявлення антигенів до збудника (методами ІФА - імунно-ферментного аналізу та ПІФ - прямий иммунофлюоресценцией), виявлення ДНК збудника (методом ПЛР - полімеразної ланцюгової реакції) , посів (нанесення зразка на поживну поверхню, потім аналіз), виявлення антитіл (імунної відповіді організму на збудника).